Die Rektorin oder der Rektor leitet die Hochschule der Deutschen Bundesbank hauptberuflich in eigener Verantwortung und vertritt sie nach außen. Seit 2006 ist Prof. Dr. Dr. h. c. Erich Keller Rektor der Hochschule. In 2018 trat er seine dritte Amtszeit an.

Vertreten wird Prof. Dr. Dr. h. c. Keller in seiner Funktion als Rektor seit 2021 von Prof. Dr. Andreas Kremer. Herr Prof. Dr. Andreas Kremer leitet zudem den Lehrbereich der Hochschule und ist somit für die Koordination der Lehreinsätze von haupt- und nebenamtlichen Dozentinnen und Dozenten verantwortlich.